Il territorio fu attraversato dalle orde barbariche che determinarono la caduta dell'impero romano d'occidente; solo con l'intervento di Bisanzio si ristabilì l'ordine costituito ed i Bizantini a Sant'Egidio alla Vibrata edificarono.
Il borgo di Faraone e le sue pertinenze ricaddero sotto l'influenza ed il controllo della Badia di Monte Santo, che ne garantì la tranquilla giurisdizione ecclesiastica. La presenza benedettina permise la bonifica dell'intero territorio e la ricostruzione del borgo adiacente il castello e di nuove chiese.
La chiesa priorale di Sant'Egidio così come le chiese conventuali di Sant'Angelo e San Savino, per effetto di un falso storico, appositamente costruito dal vescovo di Ascoli che ne rivendicava il possesso, fu aggregato alla diocesi ascolana; il documento falso fu attribuito ad un editto di Carlo Magno.
Intorno all'anno 1300 parte della Chiesa e del convento fu distrutta per opera degli Ascolani che, in lotta con i Teramani rivendicavano il possesso dell'alta Val Vibrata; la stessa chiesa subì ulteriori danni i a causa di terremoti e fu definitivamente ristrutturata con la costruzione di una nuova e diversa facciata, dopo essere stata in parte accorciata e nel suo portale oggi è ben visibile lo stemma di San Bernardino da Siena a dimostrazione che il santo lì ha predicato.
Papa Sisto V, per effetto di "motu proprio" istituì la diocesi di Montalto e l'abbazia di Monte Santo con le chiese di Faraone e Sant'Egidiofu assegnata alla novella diocesi e così fino ad oggi.
Faraone fu antico feudo di Berardo di Castiglione che nel 1188 lo cedette alla Badia di San Nicolò a Tordino, detta di Sant'Atto. Nel XIII secolo la corte imperiale ordinò a Oltremare Melatino da Teramo di restituire le porzioni del castello di Faraonis che aveva usurpato ai beni regi.
Alfonso V d'Aragona, con editto del 12 aprile 1454 concedeva l'assenso alla vendita del feudo di Faraone alla famiglia Mingo di Civitella, in seguito Faraone venne acquistata dalla famiglia Melatina che vendette il feudo a Carlo Ottone di Matelica. Eretto in marchesato da Filippo IV, re di Spagna e di Napoli, passò ai signori Caucci di Ascoli Piceno che, per breve tempo, ne ressero le sorti cedendolo successivamente al letterato Alessio Tulli, con titolo di baraone.
Sant'Egidio ebbe il privilegio di essere considerata, insieme con Civitella del Tronto, città reale e quindi, per tale motivo, esonerata dai tributi feudali fino al 1642.
Da tale data fu infeudata da Pompeo Procaccino da Civitella del Tronto, e successivamente il 23 settembre 1679 fu venduta, per ducati 780, ad Orazio Buongiovanni da Roma e successivamente, il 3 gennaio 1695, a Lucrezia De Mendoza y Alarcon, Marchesa di Monacilioni.
Nel XVIII secolo passò, in parte, al barone Guidobaldi di Nereto.
Con l'entrata in vigore del codice napoleonico, su editto di Gioacchino Murat (1809), fu soppresso il feudalesimo ed istituite le piccole Università e Faraone e Sant'Egidio furono inglobate al circondario di Civitella del Tronto.
Con i Borboni, a Sant'Egidio, era in servizio la dogana che contribuì a far crescere il contrabbando ed il brigantaggio e nel territori vi si addensavano le truppe borboniche a difesa dei confini durante i moti del 1821 e 1831 e poi delle guerre di Indipendenza.
Con l'Unità d'Italia, il Comune di Faraone fu aggregato a quello di Sant'Egidio che assunse il nome di Sant'Egidio alla Vibrata con un decreto reale del 23 giugno 1863.