Il territorio comunale di Pratola Peligna si estende per circa due terzi su una pianura di tipo alluvionale, per il resto in zona montuosa, arrivando fino alla sommità della dorsale del Morrone.



La zona è attraversata dal fiume Sagittario e da alcuni torrenti stagionali, alimentati dalle numerose sorgenti poste lungo l'asta fluviale.

Il centro abitato sorge sulla riva sinistra del fiume principale.



La più antica testimonianza di vita rinvenuta nel territorio pratolano risale all'epoca preistorica: si tratta di consistenti resti di un mammut, del tutto simili a quelli ritrovati nel territorio aquilano e attualmente in mostra nel Castello di L'Aquila. Molti secoli dopo compaiono le tracce dell'uomo, che si insediò stabilmente nella zona dell'attuale paese peligno, come testimoniano i numerosi ritrovamenti di tombe ed epigrafi databili al periodo romano.cinta esterna.



Poco conosciuto ma importantissimo, il ritrovamento alla fine del secolo scorso di una tomba ostrogota (VI sec.d.C.) all'interno del paese, che prova il persistere di un insediamento nella zona in età altomedievale, probabilmente la "Fara de Campiliano" citata in documenti successivi. Il primo documento in cui viene citato il paese risale al X sec. d.C., quando il nucleo urbano doveva essere poco sviluppato. Nel corso del XII secolo il paese venne incastellato, cioè fortificato e dal secolo seguente il feudo viene assegnato ai monaci del vicino monastero di Santo Spirito al Morrone, sotto il cui "servaggio" Pratola rimarrà fino al XIX secolo. Tra la fine del XVIII secolo e la prima metà del XIX il paese fu scosso da violenti tumulti politici, cui parteciparono orgogliosamente molti cittadini.